Podle ministerstva vnitra datové schránky doposud přinesly zrychlení a zlevnění komunikace a považují se tedy za úspěšný IT projekt, který je hojně klienty využívaný a velmi efektivní.
V červnu 2013 se objevily informace, že ministerstvo vnitra do té doby nepředložilo Nejvyššímu kontrolnímu úřadu dostatečné analýzy o tom, které vedly ke spuštění systému datových schránek a zdůvodňovaly by jejich dosavadní efektivitu, tedy to, zda má smysl v činnosti programu pokračovat. Přitom program datových schránek byl dle MV ČR spuštěn 1.9.2009. Jak vysvětlil náměstek ministra vnitra pro informační a komunikační technologie Petr Solský, v době vzniku projektu nebylo a ani nemohlo být tehdejšímu vedení MV známo, jak se systém datových schránek osvědčí a rozšíří. Dále také náměstek Solský dodal, že je pravdou, že počet uživatelů a odeslaných zpráv již od začátku spuštění projektu strmě stoupal, a to hlavně díky téměř bezchybné funkčnosti systému. Jedinou chybou byla nedostatečná reakce ministerstva na úpravu plateb České poště, která vlastně celý systém provozuje.
Je také důležité zmínit, že díky datovým schránkám došlo ke značné úspoře – až 250 milionů korun. Výše ročního paušálu za provoz datových schránek představuje 500 milionů korun ročně.
Ještě v letošním roce 2013 uživatelé odešlou přes datové schránky asi 50 milionů zpráv, což při výše uvedeném paušálu představuje cenu 10 Kč za jednu zprávu (bez DPH). Odeslání jednoho papírového doporučeného dopisu, jehož roli datová zpráva plně supluje, přijde cca na 29 korun.
Nejvyšší kontrolní úřad ve své zprávě ještě uvádí návrh, aby stát přestal platit za datové zprávy soukromých subjektů – např. notářů či exekutorů. Tato povinná platba je ale dána zákonem. Výše zmíněné soukromé subjekty totiž často mají podobné kompetence, jako ostatní orgány veřejné moci. Návrhu NKÚ bylo vyhověno a už od letošního roku jsou datové zprávy soukromých subjektů – přesněji notářů, advokátů a exekutorů zahrnuty pod celkový paušál a díky tomu nedochází k žádným dodatečným nákladům.
Co se týká vlastnictví licence k celému systému, nyní ji má státní podnik Česká pošta. Jelikož se právě jedná o podnik vlastněný státem, ministerstvo vnitra neshledává žádný důvod k odkupu licence, považoval by tento krok za nehospodárný.